متن کامل نامه علی مطهری بدین شرح است:
 
«جناب حجت‌الاسلام آقای اژه‌ای
 
دادستان محترم کل کشور
 
با اهداء سلام؛ در مصاحبه جنابعالی با خبرگزاری تسنیم مطلبی آمده است که با قانون اساسی سازگار نیست. فرموده‌اید "نظام با تمام سعه صدر خود با سران فتنه برخورد کرده است و دلیلی برای رفع حصر وجود ندارد"؛ در واقع جنابعالی آقایان موسوی و کروبی را بدون محاکمه و حکم قضایی و بدون دادن حق دفاع به آنها محکوم به حبس ابد کرده‌اید. اصل سی و ششم قانون اساسی می‌گوید: "حکم به مجازات و اجرای آن باید تنها از طریق دادگاه صالح و به موجب قانون باشد". اصل سی و هفتم می‌گوید: "اصل، برائت است و هیچ‌کس از نظر قانون مجرم شناخته نمی‌شود مگر این که جرم او در دادگاه صالح ثابت گردد". اصل سی و دوم نیز می‌گوید:‌ "هیچ‌کس را نمی‌توان دستگیر کرد مگر به حکم و ترتیبی که قانون معین می‌کند. در صورت بازداشت، موضوع اتهام باید با ذکر دلایل بلافاصله کتباً به متهم ابلاغ و تفهیم شود و حداکثر ظرف مدت 24 ساعت پرونده مقدماتی به مراجع صالحه قضایی ارسال و مقدمات محاکمه در اسرع وقت فراهم گردد. متخلف از این اصل طبق قانون مجازات می‌شود".
 
بدیهی است که قانون اساسی برای اجراست نه یک امر تشریفاتی.
 
فرموده‌اید: "موسوی و کروبی به اموال عمومی و خصوصی خسارت وارد کرده‌اند، جان مردم را به خطر انداختند و در فتنه برخی کشته شدند که اینها در این مسائل شریک هستند و تا زمانی که جبران و توبه نکنند و در مقابل ظلمی که کردند اقدامی انجام ندهند چرا باید رفع حصر شوند؟"
 
خلاصه حرف شما این است که اگر توبه کنند، بخشیده می‌شوند. این منطق نه با عقل سازگار است و نه با شرع. توبه مربوط به رابطه انسان با خدا و جبران حق‌الله است و با توبه، حق‌الناس جبران نمی‌شود. اگر واقعاً تنها عامل خسارات مالی و جانی پدید آمده این دو نفر هستند و طرف مقابل هیچ نقشی در آن نداشته است چرا باید با توبه آنها از جرمشان گذشت؟ معلوم می‌شود مسأله اصلی این است که آنها باید تعظیم عرض کنند تا آزاد شوند و اصولاً منتقد نظام یا باید در زندان باشد و یا در حصر، نمی‌شود کسی به نظام انتقاد یا اعتراضی داشته باشد و آزاد باشد.
 
این منطق نه با قانون اساسی ما، نه با شرع مقدس و نه با سیره اولیاء دین سازگار است. امام علی علیه‌السلام خوارج را تا زمانی که دست به سلاح نبرده بودند از حقوق اجتماعی‌شان محروم نکرد و آزاد بودند که حتی پای منبر ایشان انتقاد و اعتراض کنند.
 
علاوه بر این، با این منطق حضرتعالی که جرم اینها بزرگ است و تا توبه نکنند از حصر خارج نمی‌شوند، افراد دیگری نیز باید در حصر باشند، ‌زیرا ما هم می‌گوییم برخی از مقامات عالی دولت گذشته جرمشان چه از نظر قانون‌شکنی‌ها و چه در حوادث سال 88 بزرگ است و باید در حصر باشند و تا توبه نکنند نباید از حصر خارج شوند.
 
اگر قرار باشد قانون اساسی و عدالت و مصالح اسلام و مردم را کنار بگذاریم و به "استحسانات من عندی" عمل کنیم همین می‌شود و هرکسی می‌تواند دیگری را در حصر قرار دهد.
 
امید است جنابعالی که دلسوزی‌تان برای انقلاب اسلامی برای همه روشن است و به طور کلی دستگاه قضایی موضوع فتنه را با تدبیر و عمل به قانون برای همیشه حل کند.

با تقدیم احترام
علی مطهری»